В статье рассматривается практика и процедура разрешения одного из видов споров, связанных с государственной тайной — спора по ограничению права выезда гражданина из Российской Федерации, в связи с его ознакомлением в сведениях, составляющих государственную тайну, в квазисудебном органе — в Межведомственной комиссии по рассмотрению обращений граждан РФ в связи с ограничением их права на выезд из РФ. Проведен анализ законодательства, регулирующего компетенцию и порядок создания Межведомственной комиссии. Сформулирован ряд предложений по совершенствованию внесудебных процедур разрешения споров в сфере защиты государственной тайны.