Рассмотрена проблема влияния техногенеза на речную гидравлику и свойства донных отложений, которые определяют ход русловых процессов и общее экологическое состояние водных объектов. Установлена взаимосвязь состояния водного объекта, качества воды в нем и уровня загрязненности донных отложений. Показано, что темпы и объемы формирования донных отложений, а также уровень загрязненности их слоев различны на всем протяжении существования водного объекта, что позволяет использовать донные отложения как основной индикатор экологического состояния водного объекта, отображающий уровень техногенного воздействия на водные экосистемы во времени. Предлагаемый в статье метод позволяет на основании загрязненности донных отложений и уровня их экологической опасности оценить влияние техногенной нагрузки на водные экосистемы и выявить неблагополучные в экологическом отношении участки, что поможет при выборе эффективных технологий защиты и очистки рек и водоемов.