В статье анализируется кризисное состояние в методологии науки как логическое следствие эволюции познания от философии досократиков к современности. В результате исследования доминантных тенденций в истории европейской философии показано, что этот процесс связан с вытеснением «квалитативного» миропонимания древности «квантитативной» научной картиной мира в Новое время. Разрешение современного методологического кризиса в науке рассматривается в перспективе формирования новой философской парадигмы – на основе онтологии целостности.