В статье рассмотрены особенности применения геоинформационных систем при экономической оценке потенциала особо охраняемых природных территорий на примере геопортала Республики Бурятия. Выявлены основные проблемы организации геоинформационных систем, обоснована необходимость дальнейшего совершенствования существующих ГИС. Статья может быть полезна не только с точки зрения теории, но и для последующего развития в регионе ООПТ на устойчивой основе. Научная статья подготовлена при финансовой поддержке гранта Российского гуманитарного научного фонда (РГНФ), проект № 15-32-01247.