В статье рассмотрены вопросы экономической безопасности при контроле НДС (налога на добавленную стоимость), осуществляемом таможенными и налоговыми органами. Вопросы взаимодействия таможенных и налоговых органов обусловлены законодательно регламентированной процедурой взимания и возмещения НДС и применения нулевой ставки НДС при экспорте товаров. Обсуждаются различные суждения и предложения налогоплательщиков НДС. Однако действенный механизм контроля налога на добавленную стоимость до сих пор не разработан и часто на практике сводится к отказам налоговых органов в возмещении по формальным нарушениям в оформлении документов, представленных участниками ВЭД. Налог на добавленную стоимость, взимаемый таможенными органами, является одним из видов таможенных платежей и уплачивается не поставщиком товаров, а таможенным органом при таможенном оформлении товаров. В статье рассмотрены объекты налогообложения, порядок возмещения НДС, особенности применения нулевой ставки налога на добавленную стоимость при экспорте товаров. Приведена схема возмещения налога на добавленную стоимость в Российской Федерации