Тема. Современные условия развития системы высшего образования главным своим ориентиром имеют становление и формирование качественно нового уровня, отвечающего требованиям потребителей, работодателей, государства и общества в целом. Критериальными оценками развития данных процессов на современном этапе выступает агрегирующее преобразование вузов, а также их мировые и отечественные рейтинги. Названные процессы реализуются достаточно сложно и проблематично по ряду объективных и субъективных причин. В этих условиях принцип опоры на собственные силы и ресурсы становится определяющим в развитии как отдельно взятого вуза, так и их объединения. Цели. В статье сосредоточено внимание на соотношении экономических интересов вуза, его структурных подразделений и процессов стимулирования персонала в интересах максимально эффективной деятельности. Методология. С помощью общелогических методов и приемов исследования рассматриваются положения по организации и внедрению стимулирующих механизмов и инструментов в системе оплаты труда, а также положения современной теории экономики труда. Результаты. В статье описан структурно-экономический механизм распределения в вузе стимулирующего фонда по центрам прибыли, адаптирующийся в соответствии с требованиями и условиями внешней и внутренней среды учреждения. В качестве метода оценки эффективности человеческого капитала университета предложена модель, основанная на выделении чистых денежных потоков от различных видов деятельности персонала вуза. Выводы. Разработан механизм оплаты труда основных подразделений и категорий работников вуза и применения этой системы в российской практике для распределения выплат и надбавок с целью стимулирования профессиональной, коммерческой и инновационной деятельности как отдельных сотрудников и подразделений, так и организации в целом.