Наблюдаемая в настоящее время низкая эффективность средозащитной деятельности хозяйствующих субъектов многократно усугубила негативные последствия ресурсорасточительного режима потребления природно-сырьевых благ и как следствие актуализировала научную проблему поиска наиболее результативных направлений отечественной природоохранной стратегии в целом и повышения эффективности водопользования в частности. Предлагается модель структуризации функций управления водохозяйственным комплексом региона, обоснован алгоритм экологически ориентированного управления водопользованием на региональном уровне.