РУАЭСТ (RUAEST)
ОЦЕНКА АЛГОРИТМОВ РАСЧЕТА РАССТОЯНИЯ СТРОК ДНК
Актуальность и цели. Часто требуется измерить различие или расстояние между двумя строками (например, в эволюционных, структуральных или функциональных исследованиях биологических строк). Так как строковые последовательности митохондриальных ДНК приблизительно составляют 17 000 символов {a, g, c, t}, то для решения поставленной задачи были выбраны алгоритмы нечеткого сравнения, рассчитывающие расстояние за полиноминальное время. В рамках исследования при расчете метрик различными ранее известными алгоритмами неточного сравнения строк были получены различные результаты. Цель исследования: разработка методов качественной оценки полученных результатов. Разработка качественных оценок позволит сделать выбор более приемлемого алгоритма, что улучшит исследования в различных предметных областях Материалы и методы. В качестве метода исследования применятся теория треугольной нормы в метрическом пространстве. Результаты. Исходные данные были получены из банка данных NCBI и случайным образом выбраны 30 строковых последовательностей митохондриальных ДНК. В результате работы алгоритмов сравнения 30 строковых последовательностей приведены качественные оценки. Выводы. По полученным качественным оценкам метрик был определен наилучший алгоритм сравнения строковых последовательностей.