Статья посвящена развитию методологии комплексного обоснования размещения особо охраняемых природных акваторий (ООПА) на примере Черного и Азовского морей. Показано, что научной основой для обоснования размещения ООПА является комплексное ландшафтное районирование и картографирование, а также статистический анализ показателей основных компонентов донных природных комплексов, определяющих их изменчивость, устойчивость и геоэкологическое состояние, с учетом выявления деградации подводных ландшафтов за прошедшие 100 лет.