ДНК-ДИАГНОСТИКА И СПЕКТР МУТАЦИЙ В ГЕНЕ FBN1 ПРИ СИНДРОМЕ МАРФАНА
Цель. Разработка оптимального протокола диагностического поиска мутаций
с использованием секвенирования нового поколения (NGS) и оценка спектра
мутаций в российской выборке больных с синдромом Марфана.
Материал и методы. В исследование включены 32 пациента с синдромом Мар-
фана. Для 24 человек было проведено прямое секвенирование по С енгеру 24-32
экзонов гена FBN1. Для 10 человек был проведен анализ кодирующих экзонов
и прилегающих интронных областей гена FBN1 путем приготовления фрагмент-
ных библиотек и проведения NGS на платформе IonTorrent. Для 12 человек поиск
мутаций осуществлялся с использованием автоматически разработанной панели
праймеров Ampliseq для мультиплексной амплификации кодирующих областей
генов, ответственных за развитие соединительно-тканной дисплазии.
Результаты. При исследовании 24-32 экзона гена FBN1 были обнаружены
3 замены (p.C921R, p.C950S и p.I1048T). При полном анализе последователь-
ности гена FBN1 фрагментным анализом замены найдено 4 преждевременных
стоп-кодона (p.Y181*, p.R516*, p.Q1811*, p.R2776*) и 3 новые миссенс-вари-
анта (p. C739W, p.C1095S, p.C2468R). Так же была выявлена делеция со сдви-
гом рамки считывания и появлением стоп-кодона в 9 экзоне (c.661delT).
У одной пациентки была обнаружена замена c.4942+4A>G, клиническое значе-
ние которой не определено. При полном анализе гена FBN1 с использованием
панели Ampliseq было обнаружено 2 преждевременных стоп-кодона (р. Q520*,
p.K2838*) и 2 делеции со сдвигом рамки считывания (c.40_49del, c.6751del).
У 6 из 12 обнаружены миссенс-замены (p.N2144S, p.A986T, p.C2390S, p.
С2276W, p.C1777R и p.C2363G).
Заключение. В отсутствии “горячих” экзонов, внедрение NGS позволяет
оптимизировать поиск мутаций даже в таких протяженных генах как ген FBN1.
Медико-генетическая консультация и ДНК-диагностика являются интеграль-
ными методами для оказания мультидисциплинарной помощи.
Авторы
Тэги
Тематические рубрики
Предметные рубрики
В этом же номере:
Резюме по документу**
ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
ПЕРЕДОВАЯ СТАТЬЯ
ДНК-ДИАГНОСТИКА И СПЕКТР МУТАЦИЙ В ГЕНЕ FBN1 ПРИ СИНДРОМЕ МАРФАНА
Рогожина Ю. А., Румянцева В. А., Букаева А. А., Заклязьминская Е. В. <...> Разработка оптимального протокола диагностического поиска мутаций
с использованием секвенирования нового поколения (NGS) и оценка спектра
мутаций в российской выборке больных с синдромом Марфана. <...> Для 24 человек было проведено прямое секвенирование по Сенгеру 24-32
экзонов гена FBN1. <...> Для 10 человек был проведен анализ кодирующих экзонов
и прилегающих интронных областей гена FBN1 путем приготовления фрагментных
библиотек и проведения NGS на платформе IonTorrent. <...> Для 12 человек поиск
мутаций осуществлялся с использованием автоматически разработанной панели
праймеров Ampliseq для мультиплексной амплификации кодирующих областей
генов, ответственных за развитие соединительно-тканной дисплазии. <...> При полном анализе последовательности
гена FBN1 фрагментным анализом замены найдено 4 преждевременных
стоп-кодона (p.Y181*, p.R516*, p.Q1811*, p.R2776*) и 3 новые миссенс-варианта
(p. <...> Так же была выявлена делеция со сдвигом
рамки считывания и появлением стоп-кодона в 9 экзоне (c. <...> При полном анализе гена FBN1 с использованием
панели Ampliseq было обнаружено 2 преждевременных стоп-кодона (р. <...> В отсутствии “горячих” экзонов, внедрение NGS позволяет
оптимизировать поиск мутаций даже в таких протяженных генах как ген FBN1. <...> Медико-генетическая консультация и ДНК-диагностика являются интегральными
методами для оказания мультидисциплинарной помощи. <...> *Автор, ответственный за переписку (Corresponding author):
uar8o@yandex.ru
FBN1 — ген, кодирующий белок фибриллин-1, NGS — new generation
sequencing, секвенирование нового поколения, VUCS — variant of unknown
clinical significance, вариант с неизвестным клиническим значением,
ДНК — дезоксирибонуклеиновая кислота, кДНК — комплементарная ДНК,
мРНК — матричная РНК, РНК — рибонуклеиновая кислота, СМ — синдром
Марфана. <...> Рукопись получена 26.05.2015
Рецензия получена 28.05.2015
Принята к публикации 04.06.2015
DNA DIAGNOSTICS <...>
** - вычисляется автоматически, возможны погрешности
Похожие документы: