Представлены новые результаты детального исследования глубинной структуры Иссык-Кульской системы межгорных впадин электромагнитными и геомагнитными методами. С помощью профильной магнитометрической съемки через акваторию оз. Иссык-Куль выявлена зона положительного магнитного поля шириной 30 км с амплитудой около +100 нТл, природу которой можно объяснить присутствием выходов гранитоидных интрузий позднепалеозойского возраста. Обсуждаются вопросы построения региональной геоэлектрической модели по магнитотеллурическому профилю Барскаун. На основе обобщения ранее полученных результатов комплексных исследований по геофизическому трансекту построен структурно-геодинамический разрез литосферы вдоль этого профиля.