Статья посвящена разработке единой методики организации и проведения экологического мониторинга на территории национальных парков. Рассмотрены особенности организации экологического мониторинга в национальных парках, сформулированы его задачи, этапы организации и стадии проведения работ, а также направления с точки зрения экосистемного подхода: мониторинг лесных экосистем, водных экосистем, включая ихтиологический мониторинг, болотных экосистем, орнитофауны и крупных млекопитающих. Показана реализация описанной системы мониторинга на примере Национального парка «Водлозерский» с использованием ГИС-технологий, позволяющих производить интегрирование и систематизацию данных, их графическую визуализацию, анализ собранного материала. Обоснована возможность применения системы мониторинга в природоохранной, научной, эколого-просветительской, управленческой деятельности особо охраняемых природных территорий, при обосновании рационального использования ресурсов на их территории.