Представлены данные о роли микробиоты кишечника в формировании атопического дерматита (АД) у детей. Показано, что микробиота кишечника человека является эволюционно сложившейся совокупностью микроорганизмов, существующей как сбалансированная микроэкологическая система, в которой симбионтная микрофлора находится в динамическом равновесии и формирует микробные ассоциации, занимающие в ней определенную экологическую нишу. Микрофлора кишечника играет значимую роль в становлении иммунной системы ребенка и обладает протективным действием в отношении атопии. Определено значение микробиоты кишечника в ее взаимодействии с иммунной системой, как фактора аллергизации детей. Поэтому «гигиеническая» гипотеза АД теперь дополняется концепцией «microbial deprivation», которая рассматривает недостаточную микробную колонизацию с рождения как значимый фактор риска развития аллергических болезней. Показано, что микробная колонизация у младенцев может быть подвержена значительным влияниям экзогенных факторов, включая способ родоразрешения, тип вскармливания, использование антибиотиков и особенности введения прикорма. Высказывается суждение, что ранние манипуляции с микробными сообществами кишечника могут стать основой новой стратегии предотвращения аллергической сенсибилизации. Обсуждается профилактическое и лечебное действие препаратов с пробиотическим действием, которые используют различия в микробиоте для лечения и профилактики АД у детей.