Поскольку спонтанный мутагенез и быстрые перестройки квазивидов РНК-содержащих флавивирусов, а также отсутствие вирусных и клеточных систем репарации РНК приводят к устойчивости к индивидуальным изначально эффективным противовирусным препаратам, рекомендуют комбинированную терапию нуклеозидными и ненуклеозидными ингибиторами вирусных ферментов в сочетании с иммуномодуляторами. Применение специфических иммуноглобулинов не только не обеспечивает полной элиминации большинства флавивирусов, но может приводить к усилению их инфекционности вследствие проникновения комплексов вирионов со специфичными антителами в клетки с рецепторами для Fс-фрагментов иммуноглобулинов.