Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) представлен тремя основными генотипами, имеющими широкое географическое распространение, и несколькими генотипами с локальным распространением. В представленной работе анализируются закономерности использования кодонов основными генотипами ВКЭ, т. е. изучается стратегия кодирования белков. С этой целью для полноразмерных кодирующих последовательностей ВКЭ определяли показатели относительного использования синонимичных кодонов, которые в дальнейшем изучали методами дискриминантного анализа. В результате был сделан вывод об имеющихся различиях в стратегиях кодирования различных генотипов ВКЭ.