Воздействие атмосферных загрязнителей на организм может стать предпосылкой для развития патологических процессов в органах и системах, к которым они имеют тропность. Задолго до клинической манифестации заболевания происходит изменение уровней специфических аутоантител. Целью исследования явилось изучение связей между уровнями специфических аутоантител и рисками формирования патологических процессов органов и систем в условиях ингаляционного воздействия химических веществ. Проведена оценка уровней загрязнения атмосферного воздуха и воздушной среды помещений в промышленных центрах Восточной Сибири. Рассчитаны индексы опасности ингаляционного воздействия химических соединений и риски развития патологии органов и систем. Изучено относительное содержание специфических аутоантител к органам и системам, которые подвержены высокому риску развития патологических процессов. Установлено, что наиболее высокие суммарные риски формирования патологии органов дыхания, иммунной системы и сердечно-сосудистой системы у школьников, проживающих на территориях высокого и среднего уровней загрязнения воздуха. В целом выявленные изменения содержания специфических аутоантител, характеризующих состояние основных органов и систем, у детей, проживающих на территориях высокого риска развития патологических процессов, связанных с содержанием химических соединений в воздухе, не могут быть однозначно трактованы как реализованный риск экологического воздействия и требуют дальнейшего изучения.