Тимэктомия является этапом хирургического лечения некоторых врожденных пороков сердца. Тимус является центральным органом иммунной системы, где идет Т-лимфопоэз и формируется центральная толерантность к аутоантигенам. Пик функциональной активности тимуса приходится на пренатальный и ранний постнатальный периоды. Проведение тимэктомии в неонатальном периоде и в младенчестве может ограничивать эти функции. Подавление Т-лимфопоэза у детей с тимэктомией может быть оценено по субпопуляции тимических наивных Т-лимфоцитов хелперов (CD3+CD4+CD45RA+CD31+). Для выполнения поставленной задачи проведена оценка субпопуляции тимических наивных Т-лимфоцитов хелперов с фенотипом CD3+CD4+CD45RA+CD31+ у детей (n = 40), перенесших тимэктомию при хирургическом лечении врожденного порока сердца в неонатальном или младенческом периодах постнатальной жизни. Сравнение проводилось с детьми, перенесшими в те же возрастные периоды хирургическое лечение врожденного порока сердца без тимэктомии (n = 12), и со здоровыми детьми (n = 23). Выявлено, что тимэктомия при хирургическом лечении врожденного порока сердца приводит к снижению тимических наивных Т-лимфоцитов хелперов с фенотипом CD3+CD4+CD45RA+CD31+ в периферической крови. Ранний возраст проведения этой операции способствует развитию дефицита в периферической крови как тимических наивных Т-лимфоцитов хелперов с фенотипом CD3+CD4+CD45RA+CD31+, так и Т-лимфоцитов хелперов в целом (CD3+CD4+). Количество в периферической крови тимических наивных Т-лимфоцитов хелперов с фенотипом CD3+CD4+CD45RA+CD31+ отрицательно коррелирует с временем после проведения данной операции у детей с врожденными пороками сердца.