В статье приведены результаты гидробиологических исследований, выполненных в летний период 2013 г. в юго-восточной части Азовского моря и Курчанском лимане на лицензионном участке ООО «НК «Приазовнефть». Охарактеризованы структура и состав биологических сообществ изученных акваторий, включая сведения о бактерио-, фито- и зоопланктоне, зоонейстоне, бактерио- и зообентосе. Проведен сравнительный анализ структуры и распределения гидробиологических сообществ в морской и прибрежных частях Темрюкского залива Азовского моря, а также Курчанского лимана. Согласно полученным данным, в последние несколько лет соотношение и встречаемость отдельных групп организмов планктона и бентоса меняется, что может свидетельствовать о происходящих сукцессионных изменениях структуры исследуемых биологических сообществ. Обсуждаются данные межгодовой динамики основных звеньев экосистем.