Представлены результаты применения статистических методов для учета поправок на рельеф при выполнении комплексных геофизических исследований на акватории. Предложена статистическая модель аномального поля, в котором содержится учёт влияния рельефа в виде аномалий и случайных помех. С помощью метода наименьших квадратов производится разделение аномалий и рельефа. Представленные в статье примеры основаны на использовании нового подхода к решению поставленной задачи. Предлагается использование нетрадиционного подхода и доказывается его эффективность на реальных примерах.