В ходе сравнения аминокислотных последовательностей инулиназ различного происхождения выявлено, что остатки глутамина, аспарагина, аргинина и триптофана представляют собой элементы участков консервативных последовательностей. Показана высокая степень гомологии для инулиназ Aspergillus awamori и Aspergillus niger, самые существенные отличия обнаружены между ферментами из Geobacillus stearothermophilus и Penicillum species TN-88.